Церковь в монастыре Санта-Мария-делле-Грацие была построена в средневековом готическом стиле в середине XV века. Позже правитель Флоренции Людовико Сфорца решил перестроить ее в более современном стиле и нанял для этого архитектора Донато Браманте. Браманте соорудил купол в стиле эпохи Возрождения и добавил ряд крытых галерей, но еще до окончания работ в 1499 году Милан был захвачен французской армией. Сфорца попал в плен и дальнейшие планы Браманте не были воплощены в жизнь. И теперь в церкови соседствуют элементы готики и эпохи Возрождения.
Хотя интерьер церкви привлекателен, истинным сокровищем является фреска "Тайная вечеря", написанная на стене трапезной Леонардо да Винчи. Когда Леонардо да Винчи работал над этой фреской, любопытство побудило его использовать необычный метод. Вместо того, чтобы писать ее непосредственно на покрытой влажной штукатуркой стене, он решил работать маслянными красками по сухой штукатурке. Из-за этого спустя несколько лет краска на фреске стала осыпаться, и ее приходилось неоднакратно реставрировать. Хотя сейчас "Тайная вечеря" выглядит относительно целой, реставрационные работы над ней практически не прекращаются. Некоторые эксперты полагают, что от подлинника Леонардо осталось совсем не много.